Система управління закладами освіти визначається законом та установчими документами.

Установчі документи закладу освіти передбачають розмежування компетенції засновника (засновників), інших органів управління закладу освіти та його структурних підрозділів відповідно до законодавства.

Засновник Перехрестівської спеціальної загальноосвітньої школи-інтернату І-ІІ ступенів Закарпатської обласної ради – Закарпатська обласна рада, уповноважений орган управління – департамент освіти і науки Закарпатської обласної державної адміністрації, уповноважений орган управління майном – управління з питань забезпечення повноважень щодо управління об’єктами спільної власності Закарпатської обласної ради.

Керівник закладу освіти – директор школи Глінко Михайло Михайлович.